Ежегодно в Кыргызстане регистрируется более 230 тыс. случаев инфекционных заболеваний, из которых 65-70% приходятся на грипп и острые респираторные вирусные инфекции. Такие данные приводятся в Стратегии развития здравоохранения КР на 2014-2020 годы, подготовленной Министерством здравоохранения.
Среди остальных инфекционных заболеваний наиболее распространены острые кишечные инфекции (более 36%), гельминтозы (30%), вирусные гепатиты (16%), туберкулез (7%) и бруцеллез (6%). Сдерживание роста заболеваемости происходит за счет высокого охвата детей иммунизацией, который достигает 95-96%.
При этом сохраняется напряженная эпидемиологическая ситуация по ряду заболеваний, передающихся от животных, таких как сибирская язва, эхинококкоз, бруцеллез и бешенство. Так, несмотря на значительное снижение заболеваемости бруцеллезом, в целом уровень этих заболеваний, по данным Минздрава, все еще высок (38,8 на 100 тыс. населения – в 2012 году). Случаи заболевания сибирской язвой среди людей регистрируется ежегодно, за прошлый год отмечено 6 таких фактов. Неблагоприятной эпидемиологической и эпизоотической обстановке, по мнению медиков, способствует наличие в республике более 50% нераспознанных почвенных очагов сибирской язвы.